是的，合格产品所支付的加工费需要扣除超额报废品材料成本。超额报废材料是指企业在生产过程中由于定额报废量超出或者由于特殊原因而报废的材料，如质量不合格或过期材料，它属于企业生产成本，也就是说超额报废材料成本应该从本月加工费中扣除，才能让生产成本更加合理控制，降低企业利润水平。 此外，企业在进行生产的时候，应该加强对报废材料的管理，及时发现报废问题，对报废原因进行记录，并采取有效措施，有效降低超额报废材料成本。另外，企业还应当加强与供应商的沟通，尽可能提高原料的质量，降低生产浪费，减少超额报废材料成本。