跨区域缴纳的所得税，完税凭证可以在所属地的税务机关中办理。具体来说，江苏公司的工程异地施工于重庆，那么可以办理预缴所得税完税凭证的是重庆电子税务局。可以向重庆市税务机关索取申领完税证明书，提交相关凭证后，填写申领信息和税种，在重庆电子税务局完成申领手续，即可获得完税凭证。此外，现在社会信息化发展非常迅速，很多税务机关都会提供在线申领完税证明的服务，更加方便快捷，只需准备好相关凭证，即可在税务机关的网站上进行网上申领，节省时间和精力。