个体工商户核定征收改查帐征收库存的处理方式，包括：一、首先应进行识别、评估和计算税收收入增加或减少的情况；二、依据工商部门的具体要求，去检验个体工商户未核定的收入，发现问题并修正；三、对未纳税收入进行查账，根据核定征收结果，进行调整；四、确认计算工商户税收收入增加或减少的金额，完成税收征收库存的处理；五、每个月要对上月的收支情况及税收征收库存情况进行审计，拿出差错，进行重新处理，以确保税收收入有效地征收、完整地统计。拓展知识：个体工商户税收征收库存需要定期更新，除了要求个体工商户准确计算应税收入外，还需要确保个体工商户热情有序地配合主管税务机关核实核查。