对于增值税发票联和抵扣联丢失的处理，根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第六十条的规定，企业在增值税一般纳税人应税款凭证丢失的，由所在地的税务部门出具鉴定书。在鉴定书中可以提供增值税发票的发票编号及开票日期；购方地址、名称；发票类别及金额等基本信息，依据税务部门出具的鉴定书，企业可以进行进项税额抵扣，以减少缴纳增值税的费用。 此外，丢失发票联和抵扣联也会对企业的进项税额核实造成困难，因此企业也要做好保存发票联和抵扣联的工作，以确保为纳税义务履行做好铺垫。另外，在日常报账时也要注意发票联和抵扣联的完整性，并在发现丢失的情况下及时补全。