如果公司把进项发票上的记账联和抵扣联确实丢了，就算去对方单位要复印件也无用了。此时可以根据《企业所得税税收管理办法》（国家税务总局令第2号）第十四条第二项的规定，向税务稽查部门出具稽查证明文件，经稽查机关确认后，方可使用发票进行记账抵扣。 稽查证明文件需要由企业准备，包括发票未扣除的联次、未抵扣的金额，以及扣除税款的原因。此外，企业还要准备销售发票相关凭证，以及报送给税务部门的材料。 拓展知识：据《企业所得税税收管理办法》第十四条第一项规定，有完整的进项发票（包括正副联），但失去原件，可以由税务机关开具发票补打证明，以确认企业的记账与抵扣。