对于公司扣除的工会经费在申报个人所得税的时候，根据《个人所得税法》的规定，这部分费用不能被税前扣除。《个人所得税法》规定，被税前扣除的支出，必须是个人在参与了经济活动后，直接发生的支出，而公司扣除的工会经费，是政府和企业在就业市场建设中签订的协议，属于宏观调控支出，不能被税前扣除。 此外，由于工会经费的扣除不属于个人所得税专项扣除，而是企业社会责任支出，因此这部分费用在纳税申报时是无需报告的，也就是说，税法并不要求纳税人把公司扣除的工会经费申报出来，不论申报出来还是不申报出来，都不影响纳税人从税务机关领取税款减免。