处理电子专用发票多开的一张，最佳的方法是立即进行核销并及时登记。首先，执行现场核销，要求收方当场重新检查发票信息，如开票日期、发票号码、金额等，填写开票报表，核实是否与有效发票信息相符。然后，在购方和销方签字双方同意核销意见，将两张发票一张收回，一张全部用章盖掉，称为“作废发票”，由乙方保存此类发票作为备用支持。此外，在乙方发票有效期内，应及时在国家税务总局网站上交换发票手续并共同申报，以避免被税务机关罚款。 以上是处理电子专用发票多开的基本方法，此外，为了防止此类问题的发生，可以建立销售环节的严格管理制度，采取必要的安全措施，定期对发票流向和发票状态进行跟踪抽查，并开展企业文化相关培训，以避免类似问题的再次发生。