根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第三十四条第八项之规定，购买农业生产用的物品所开具的发票，其税率不得超过九％，也就是说，农民出售的树苗和北京生态有限公司出售的草籽和树苗，开具免税的增值税普通发票，两者都可以按九％的扣除率计算抵扣进项税。 同时，要求企业留存发票，以备税务机关核查，而且，在做销项税税率计算时，还会涉及到增值税定额扣除及专票处理问题，因此，在进行销项税税率计算时，企业必须有良好的内部管理制度，以确保发票真实，准确的做好抵扣税金的登记和备案工作。 拓展知识： 增值税定额扣除是指按照国家规定的定额标准，在不改变企业纳税义务和纳税能力的情况下，对企业购进货物及劳务支付的税款（即进项税额）依法进行一定比例的减免，实现部分税收减免的税收优惠政策。其中，专用发票主要用于销售和服务出口、出口进口业务、免税及不征收增值税、集体福利性消费以及政府采购等业务，适用的税率为0%。因此，企业主要依据发票的类型来判断是否可以按照9%的扣除率计算抵扣进项税。