是的，小规模纳税人开的专用发票只能是两种税率，即3%和5%。小规模纳税人是指企业一年内营业收入不超过5000万元的企业、个体工商户和其他纳税人，可以根据自身所属行业特征和税收情况选择小规模纳税人或者一般纳税人，进行税务申报工作。 小规模纳税人开具的专用发票税率只有3%和5%，3%的税率主要针对服务行业和小型制造业，比如：营业税、增值税等，5%的税率主要针对汽车销售、比较大型企业的加工制造、批发和零售等，比如：增值税、消费税等。 拓展知识：一般纳税人可以开具6%或16%的发票税率，以及税率汇总总税率为17%的组合发票。6%的税率主要针对不动产、日用消费品的客户，16%的税率主要针对服务行业，以及少量增值税项目。组合发票可以同时开具3%、5%、6%、16%税率内容。