负数发票的出现一般意味着有出现负数进项税额。在使用负数发票时，其实是你报送的期初税额跟上一月的税额以及实际发生的税额不一致，而出现了负数发票来校正上个月的税额。申报时需要把上月的税额和实际发生的税额全部转出去，然后在新月份的发票中，把负数发票的税额转入，核算出新的发票的税额，方可申报当月期末税额。此外，除了正常发票中的增值税外，减免税收政策也需要通过负数发票的形式来核算减免的税额，此时也需要把减免税额通过负数发票转入，从而核算出新的发票的税额，确保申报时期末税额的准确性。