处理3月份开的两张增值税专用发票抵扣联丢失的情况应该根据相关法律法规来进行处理。 首先，公司应当根据国家有关规定，当销售方提供的发票存在错误或被弄丢的情况，应该及时向税务机关申报，并重新开具发票。其次，根据《增值税专用发票使用规定》，如果重开发票，则销售方应当根据失票证明书正本，重新开具与原发票内容一致的增值税专用发票。 此外，公司应加强对发票的管理，落实内部控制制度，加强内部管理，避免这类情况发生。应建立起完善的票据管理机制，做到及时开票，准确归集，定期报税等。同时，也应当加强纸质发票的安全性，以防止发票被拐走或被弄丢。 总之，处理增值税专用发票抵扣联丢失问题，公司应当坚持既要合规发票，又要保障发票安全。及时向税务机关申报，重新开具发票，并加强内部管理等是关键。