虽然企业办理了留抵退税，但仍然可能会受到税务稽核。在企业出口商品，收取抵扣税款，申请留抵退税时，国家税务稽核机构可能会对企业进行抽查和审核。原因可能是： 1.货物出口时间长，审批手续不完备，未按时申请留抵退税。 2.发票等凭证，税金使用情况存在欺诈行为，导致企业在申请时犯有偷税漏税行为； 3.商品类型，数量及面值出口不符合实际情况，利用出口抵扣税款； 4.填写留抵退税申请表时，企业填写的财务资料虚假，以及账户等金钱使用情况不合理。 以上几种情况，都可能会引起税务机关的注意，并进行相应抽查和稽核。在此期间，企业可以向税务机关提供准确的所有凭证和财务资料，以有效减少稽核的结果。另外，企业还可以利用有效的税收管理软件或税务筹划等方法，以更好的管理企业的税务事务，降低税收风险，提高企业效益。