根据《中华人民共和国企业所得税法》第十三条的规定，发生股权变更，无论是股权转让，还是扩股，都需要缴纳税费。具体来说，根据本案情形，在股东A将股权转让给股东B的同时，应当按照税务机关规定，完成税务登记，缴纳相应的税费。 一般情况下，股权变更的应缴税费为变更净价值乘以税率得到的金额。因此，在本案中，1000万元股权转让，变更净价值为90万，根据企业所得税法，以20%计税，则应当缴纳有关税费18万元。 此外，另外需要注意的是，股权变更后，企业所有者的税收和财政负担也会发生变化，因此，企业要充分考虑税收和财政影响，尽可能减少纳税负担，减少税务风险。 拓展知识：股权变更的税收影响 股权变更给企业带来很大的变化，其中不乏税收和财政负担。变更后企业持股比例变更，从而影响企业提取分红、发放股息等税收影响。此外，股权变更还会影响企业计税方法、扣缴义务以及税务对比，从而影响企业税收负担。