是的，公司之间可以开具代收协议。这种三方协议开票方式是属正常正当的收款交易方式，合法有效。按照协议约定，甲方负责从乙方收取有关发票收入，并将收取的费用全部或部分支付给丙方，其中的代收款是丙方的一种报酬。由此可见，双方能够相互满足其需求，符合三方的利益，也是一种合理的做法。 此外，代收协议的双方还应当注意发票的有效性，以及发票的税收率、报销等方面的事宜，否则会影响到税收和账务记账的正确性。另外，由于认证证明书等相关文件的不一致，可能会产生一定的税收影响，因此双方也应该注意此类问题。