处理账上应交增值税少交0.01的情况，首先需要判断此种情况是否由于系统或工作人员失误等原因造成的，如果是，则需要补齐差额，及时缴纳增值税，并及时办理纳税凭证。如果是由于系统或工作人员失误造成的，应及时向税务机关提出补缴申请，并登记补缴事项，并做好相关的证明材料；如果不是由于系统或工作人员失误造成的，则可以通过纳税申报来退税。 拓展知识：应缴税款的增值税是由一定税收基数算出来的，只要这两个数字相差不足0.01，就可以由税务机关下发减免税通知书。如果实际缴税款大于应缴款，则可以通过减免税方式获得退税或补贴。