工伤保险中心赔偿的入账程序是：首先，由受伤者或者受伤者的法定代理人对受伤给予确认，随后提交赔偿申请书，申请表中应有受伤人的姓名、身份证号、工伤保险证号、申请赔偿的种类、金额等。然后，由赔偿机构审核，即根据有关规定认定是否支付工伤保险赔偿金，如果通过认定，给予赔偿，缴费人应支付赔偿金，缴费机构收到赔偿金后，按规定申请存入受伤人的个人账户中。 拓展知识：工伤保险赔偿金包括医疗费用补偿金，用于补偿受伤人的治疗费用，津贴补助金，用于补偿受伤人工作收入损失，重定亲属抚慰金，用于补偿受伤人家属的精神抚慰。