可以的，代收款本质上就是收费给他人收取费用的一种形式，公司A代公司B收取100万元，代收款的作用是可以通过其他渠道给客户收取费用，收取费用过程中可以有一定的收费，比如0.3%，公司A帮忙公司B收款之后，为了走正规程序，公司A可以开发票给公司B，公司A收取的费用可以为100万乘以0.3%，也就是3万元。其实，在一些行业，代收款一直都是一种很常见的收费形式，只不过现在国家规定较严格，需要记录收费的详细信息，以便进行税务管理。为了遵守税务管理相关规定，同时也是为了保护公司A的合法权益，而且也会起到财务上的收支记录作用，因此，在公司A帮忙公司B收款100万之后，给公司B开发票100万*0.3% 然后公司A收公司B的100万*0.3%的款是可以理解的。