企业注销留抵税额的处理主要包括以下几个方面： 一、确定处理方式：企业注销时，应先将税款结算，即先核实抵扣税款余额，抵扣税款余额不够时应及时补缴，抵扣税款余额过多时，应当向税务机关申请退税。 二、数据清理：根据企业已记载的抵扣税款余额，进行数据清理，对于留抵税额应核实具体原因，是否有其他应补退税金额及抵税资料，以便据实核算本年度及当年已缴纳税款、本年度及当年未缴纳税款及留抵税额应怎样处理等。 三、记账处理：注销企业的留抵税额应根据税务机关要求，进行发票等税收凭证的保存，以便根据税收凭证，分别记入未交税款和待抵扣税款准确登记。 最后，企业注销时处理留抵税额，还要注意及时申报注销税收管理相关报告，以及完成税务稽查等程序。 拓展知识：企业清算后，企业应正确退还抵扣税额，如企业抵扣税额余额过多，应当向税务机关办理申请退税的手续，不能随意将抵扣税额从未缴纳账户转入已缴纳账户或者调至其他各项账户。