千元版发票的开票限额为999999.99。千元版发票属于普通发票，根据《发票管理条例》规定，普通发票的开票限额是99999.99元，但是以发票代开或者电子发票为例，其限额放宽至千元，也就是999999.99元。 拓展知识：从2018年4月起，国家发改委正式实施《发票管理条例》，其中对发票的开票限额进行了明确的规定，规定发票的开票限额为99999.99元，若超过该金额，需要采取多联发票或者通过其他形式（如发票代开或者电子发票）实施开票。