法人账户转进公账的货款可以作为往来款，也可以作为应收账款，根据需求灵活处理。首先，需要确认期初货款是否应该确认为往来款。然后，需要根据私账上记载的借方明细和我公司实际生产经营情况，把期初货款按单笔应收账款的方式分别在账务系统中进行登记。最后，在此基础上，接收进公账的期初货款可按下列两种方式处理：（1）若期初货款属于长期账款，则按原货款来源进行发票开具，并将期初货款匹配到科目“应收账款—长期账款”中。（2）若期初货款属于短期账款，则需四个基本条件：一是货款能和收款人银行账号对应；二是收款方确认接收货款；三是货款是由原客户支付的；四是货款的往来款账户中有客户的银行账号。满足上述条件后，期初货款即可核销科目“应收账款短期账款”中对应客户应收账款。此外，把资金转入公账后，还需要确认公账内未处理的应收账款，并为之开具发票，以作后续核对。