企业所得税申报表和增值税申报表金额存在差异时，需要进行研究，找出金额间的不一致点，才能确定如何处理。一般来说，原因可以分为三类：一类是因为税收要素和计算方法的不同；第二类是因为税收要素和计算方法有遗漏；第三类是因为存在税收优惠政策或其他特殊情况。 要处理企业所得税与增值税申报金额存在差异，首先需要根据税收要素和计算方法做出相应的调整，以便实现两者的金额一致；其次，如果金额不一致，可将双方均备有的凭证和报表结合起来审核，以便确定有效的税收要素和税收优惠政策。最后，根据审计结果，采取相应的调整或补缴政策来解决金额不一致问题。 拓展知识：在处理金额不一致问题时，还可以采取双方同时对基本税收要素作出更改或补充的方式，以期找到一个双方满意的处理方法，实现金额一致。