处理物流后破损的商品的账务处理如下： （1）收回破损商品，建立商品折旧账户，因为在售卖这批破损商品时会存在价值折旧； （2）在商品折旧账户上核对实际折旧金额，这个金额应该比500元少； （3）500元赔偿金额归入不计入成本的发生额中，由财务部门进行账务处理； （4）在折价出售商品时，此项金额也要拆分成营业收入和成本计入。 拓展知识：破损商品的账务处理旨在正确反映这批商品的投入成本以及其带来的收益，以便有效控制成本和利益。另外，处理这类损失时应加以充分记录，及时报告，便于持续改进账务处理程序，以提高企业绩效。