是的，总公司和分公司可以非独立核算。在非独立核算的情况下，分公司的收入和费用都需要纳入总公司的核算，并做到上报和统计。设定分公司为项目进行核算是可行的，具体的实施方式有多种。可以采取按照分公司的收入和费用分别计入不同的科目，也可以把分公司的收入费用下达至总公司，总公司负责核算汇总，然后再把记录全部按照分公司收支科目进行核算。 此外，总公司和分公司还需要建立紧密的管理连接，并建立有效的监督机制，使所有的记录达到完整与备份的要求，及时发现和纠正账务错误，提高核算的准确性和真实性。