疫情最低工资应扣除五险一金后的金额，因为五险一金也是一部分薪酬，不能算在最低工资里面。五险一金是政府制定的一种社会保障体系，其费用由企业和员工双方各自承担一部分。根据企业个体的情况，健全企业内部的费用管理，调整五险一金缴费比例，以实现社会保障的最优分配。拓展知识：五险一金包括养老、医疗、生育、工伤及失业保险，其中工伤及失业保险由企业承担，养老、医疗、生育保险由企业与个人各自承担，常规比例为企业四分之三，个人一分之三。