如果已抵扣的进项发票丢失，就需要按照税收法规的要求办理完全补扣税款。首先，申报人或者代理人应当就抵扣税款处理情况及时向税务机关报告并书面确认，然后依据税收法规的要求，重新报送抵扣申请表、重新审核抵扣资料、重新报送抵扣申请税收凭证、重新报送进项发票（若重新获得）等。最后，应由税务机关审核审批才能正式完成补扣税款。 一般而言，购货方在补扣税款的过程中，要严格按照税务机关规定的程序进行操作，并配备与发票补扣有关的资料。有效的建立抵扣系统可以有效防止发票丢失，降低后期补扣税款繁琐环节，减轻税务机关和申报人的负担。