全电发票和电子专用发票并不是完全一样的，二者的区别在于，全电发票即将完全电子化，发票将被发票服务中心发放，而发票的开具、修改以及作废等操作都将全部由服务中心负责；电子专用发票则是指发票发票放行后会被发票服务中心重新编号，然后发票将由企业自行开具、修改以及作废，使用电子签名确保税收计算机系统与发票一致性。另外，全电发票目前还未开放模板，而电子专用发票已经开放了模板，即由税务机关统一发放的发票模板。 除了上述的发票区别，还有另外一种电子发票，即英文称为e-Invoice，也就是我们熟知的电子商业发票，这类发票是由企业自行开具、修改以及作废，注重发票信息的准确性及安全性，同时实现发票管理的自动化，一般由企业自行开发和维护，同样也可以使用模板。