小规模纳税人营业执照上的注册资本，一般情况下是根据企业的实际情况来确定的。1000万元的注册资本是否合理，首先要根据企业的实际情况来判断，若是为一个投资大的公司，1000万的注册资本合理，若是一个小企业，1000万元注册资本可能会太高。此外，营业执照上的注册资本不仅与企业本身的实际情况有关，也与税务机构对企业的审核和管理要求有关。一般来说，税务机构对于小规模纳税人的要求较低，注册资本较低，拟注册资本1000万元，可能有些太高了。 在实际缴纳税款时，企业必须依照实际的营业执照上的注册资本来提供申报资料，以产生相应的税收。如果实际的注册资本与税务机构要求的注册资本不一致，这可能会造成严重的后果，导致企业无法正常缴纳税款。因此，小规模纳税人申报的注册资本应该与其实际情况一致，否则可能会带来诸多不必要的麻烦。