水利建设基金的计税依据是《收入税法》第六十八条之一规定，收入税法第六十八条规定了地方政府和行政机关收取、缴纳或者准予抵免的不同类型的收入计税规定。其中，水利建设基金的计税依据主要是收入税法第六十八条之一款的规定，即“地方政府和行政机关收取的水利建设基金收入应征收地方政府收入税”。主要包括：一是对水利建设基金收入的收入税征收；二是按照适用的税改政策，对水利建设基金准予抵免收入税等。 此外，现行的收入税法关于水利建设基金的征税规定，还将试点地区的水利建设基金收入列入了地方政府收入税的计税范围，并规定对试点地区的水利建设基金收入使用不同的税率，以及可以申请免征地方政府收入税等。 因此，水利建设基金的计税依据是收入税法第六十八条之一规定，不同地区可能会有不同的税政政策，各地税务部门和政府应该把握住征税政策的新变化，妥善处理水利建设基金的计税问题，以促进该项目的发展。