分公司对于这200万借款应当向总公司出具相应的应收账款，然后将应收账款科目做抵扣项。在月末结账时，把这200万借款抵扣掉，记入“应收账款抵扣”科目，这样既将应付款核销掉，又将应收账款记录在账上。拓展知识：当分公司和总公司之间存在应付账款和应收账款交易时，可考虑进行账款对冲处理，以提升现金流的灵活性，减少企业的资金流动成本，降低资金管理的风险。