处理100万差额有以下几种选择： 一、现金结清。乙方要求因房地产抵款给甲方减免480万，但交易双方不能一致，可以由甲方将剩余的100万现金支付给乙方，以结清本合同。 二、直接合并实收。甲方把100万直接合并到乙方的实收款中，乙方全额支付给甲方，结算完成后，再由乙方自行向银行办理贷款手续，以消除贷款矛盾。 三、其他财产抵款。甲方可以将其他财产抵款到给乙方，比如，商品、存货等，乙方收到，可以用其他财产减少100万贷款额度。 四、其他方式协商。甲乙双方可以协商其它形式使用现金，比如将现金分拆成几次支付，或者提供一定的安排期。 综上所述，处理100万差额存在多种方式，根据双方合作关系，可以商议后确定一种最合适的方式。 拓展知识： 合同纠纷的解决，除了双方协商，还可以通过仲裁方式解决，特别是对于金额较大的纠纷，仲裁能够更有效地保护双方的权益，解决纠纷。