应按入库单上的单价登记原材料数量金额式明细账，因为入库单为采购时记录的确切金额，在进行登记时对金额要求更加准确，增值税专用发票的单价实际上为出口、进口经营者临时调整交税的基准价格，其实可能与实际交易价格有很大出入，不能作为原材料数量金额式登记的基准。此外，增值税专用发票的单价发生改变时，也不能及时响应，因此无法准确反映原材料实际采购价格。拓展知识：原材料数量金额式明细账是以原材料或半成品数量金额为记账依据，以流入、流出登记原材料、半成品存量、成本以及原材料、半成品成本账户的发生额等信息。