是的，退完增值税留底税额时，应交税费一级科目余额应该是0元。而账上应交税费一级科目余额账上还剩4000多元情况，可能是由于未及时退税，或者存在税费申报书和应纳税额不一致造成的。此时纳税人可以根据税务机关提示的任何业务，补办完税手续，及时办理退税，使得应交税费一级科目余额回归0元。 拓展知识： 增值税留底税额是指纳税人在纳税义务期末时，根据增值税纳税申报表和实际应交税费，办理税款结转。退税是指纳税人根据纳税申报表，应缴纳的税费少于实际应缴税费时，申请国家发放的税款退还。