当发现普通发票的第二联不在时，首先应尽快报告给税务机关，由主管税务机关进行处理。对于已开具实际使用的作废发票，应当申请普通发票补开，补开时应准确填写所有用途资料，完成相关数据登记手续，并打印出来。在补开普通发票的过程中，应由税务机关提供认证，保证发票的正确性和完整性。 另外，为了防止发票的第二联不在的情况发生，对于发票的使用应加强管理，严格按照税收法规和规定办理，及时完成税收登记，在发票使用过程中要做好记录，以便能够及时发现问题，确保发票安全性。 拓展知识：税收登记是税务机关负责处理企业在税收管理中的重要事项，是企业在税种认定、税率认定、税种核销等方面的基础工作。税收登记的目的是为了确保税收征收的准确性。