对于单位签的建设天然气门站的土地补偿协议，应该缴纳国土税。具体税率根据补偿金额和用地性质确定，一般是交纳1%-3% 的国土税。并且，根据《国务院关于个人住房按揭贷款免征增值税的决定》，只要是用于住宅的用地补偿，其补偿金额不超过200万元的，可以免征国土税，如果按补偿金额超过200万元按比例征收国土税。 拓展知识：由于国土税是地方税种，其征收标准不同地区会有所差异，一般由地方政府具体规定。例如，广东省实行的国土税按照设定的标准收取，根据征收的不同类别，税率从1%到10%不等。