处理一分钱的税款差异，需要遵循税收管理部门颁布的规定和有关法律。首先，要查询该差异发生的原因，确认系统是否存在缺陷，另一方面，要查验相关的票据，对照发票上的数据来核实有无缺失。如果确实是系统存在问题，可以提出补贴申请，如果发现发票有漏税行为，将依法受到处罚。 拓展知识：增值税是由消费者支付的关税，其基础是依据增值税法及其实施条例颁布，其基本原则是“由企业计提、报税、收缴，由国家代扣代缴”。增值税纳税义务人必须按照国家规定的时间和方法正确申报应税项目，正确计算税款数额，完整无误地提供税务登记表，按时缴纳税款或在申报通知期限内缴纳税款。 个人、企业在纳税过程中，原则上不得擅自向国家减免税收，必须正确申报缴纳、纳税期限内向税务机关办理缴纳税款等手续，以及缴纳增值税。