在银行流水和期初余额相差50多万的情况下，首先要明确流水差额的来源，即要查明流水差额的财务原因。一般可以采取如下步骤： 1. 核对期初余额和银行流水； 2. 对上述材料进行分析，明确比较中存在的差异； 3. 对期间和期末发生的业务活动进行详细审核； 4. 对上述审核差异进行专门研究，如存在疑义，则详细调查； 5. 向管理层报告差异的性质和原因； 6. 根据管理层的决定，对差异进行处理，力求将财务记录异常处理掉； 7. 若出现问题，采取合理措施加以解决； 拓展知识：流水差额还可能是由于金额犯错、日期犯错或录入犯错而导致的。须从流水上加以分析，采取会计反推、账户分析学原则进行核对，以便发现问题和解决问题。