小规模纳税人开具工程款发票的税率主要按照服务费的性质来确定，一般是3%的增值税税率。由于税率受当地政府规定的影响，所以工程款税率在不同地区也可能存在一定差异，有可能会改变。 除了3%的税率，小规模纳税人还可以采用减税政策， 2020年1月起，财政部、税务总局发布了关于“即征即退”政策的文件，对于小规模纳税人开具的服务费发票，实行“进项税额即征即退”，即企业可以在缴纳增值税时一次性申报，税务机关即征即退的原则进行减免税款，这样可以有效降低企业的负担，但是受益企业必须满足特定条件，才可以使用此种减税政策。 通常情况下，小规模纳税人开具工程款发票，增值税税率为3%，但是如果有特殊情况，则根据实际情况来确定，如果能够满足“即征即退”政策，也可以使用此种减税政策，以减轻企业负担。