公司从商业银行入账资本金，应根据收款行的不同，分别做以下入账处理： 1.从商业银行入账，再从商业银行转账给农业银行，此时要分别做借贷方处理，借方依据实际付款情况确定科目，贷方为银行存款科目，同时当期金额在商业银行存款科目以及农业银行存款科目均做拨入记账； 2.此外也可以先把资本金直接从商业银行转入农业银行，此时付款方户名和收款方户名都是公司名称，只需要在商业银行存款科目和农业银行存款科目当期金额进行拨入记账即可。 总的来讲，在入账资本金中，一定要特别注意付款收款方的户名及账号，以及做好各类账处理，以有效管理公司资金。