运输发票的6%和9%增值税税率差别是，6%的适用于发票上仅显示服务费用，而9%适用于货物或劳务提供有物质性的服务项目。 因此，如果发票上显示的是货物或劳务，则应使用9%的增值税税率，而如果发票上只显示服务费用，则应使用6%的增值税税率。 此外，要区分6%和9%增值税税率，还可以从发票票据上来判断，如发票上涉及货物或劳务项目，则该发票应使用9%增值税税率；而如果发票上只涉及服务项目，则应使用6%增值税税率。 增值税税率主要有三种，即6%、9%、17%。6%和17%增值税税率主要用于服务和无形劳务，而9%增值税税率主要用于货物及其他可物质性服务项目。因此，正确使用增值税税率，有助于准确缴纳税款，并避免发生违法违规行为。