可以入账，但要根据不同的类型要求提供不同的手续材料。一般来说，报销发票需要配合申请单、合同、票据等手续才能进行发票入账操作。由于总公司和子公司抬头不一致，需要在发票上补录相关票据和单据信息，这样才可以在记账操作过程中识别并入账。此外，如果发票有单位盖章，则需要在发票上盖上总公司的公章，以便更加严格地遵守发票开票核准程序。拓展知识：企业在开具发票的同时，还要遵守《增值税税票管理条例》，确保准确录入增值税登记号，做到税务合规。