船舶运费收入扣除加油费，应按照财务会计准则及相关税法条款进行记帐。首先，将运费收入以现金流量表的形式记录，把收到的现金登记在收入科目的应收现金中；其次，将支出的加油费，按照“现金支出→办公费和管理费→加油费”的顺序，记录在费用科目的应付现金中；最后，运费收入扣除加油费，则应收现金减少相应金额，应付现金增加相应金额。 拓展知识：船舶运费收入不仅可以扣除加油费，还可以扣除进入港口的港口税、水上运输工具使用费、水上安全费、运输服务费等，以减少最终的所得税负。