不能计入管理费用差旅费里。民航发展基金是中国航空运输协会设立的经费财政账户，用于支持地方民航发展。该基金主要来源有：国家财政给予的补助、实缴费用，以及中国民用航空运输企业职工参保单位给予的捐赠。基金支持全国航空发展，包括航空业科研开发、航空发展投资、地方航空发展计划的资助等，一般不允许用于商业航空公司的日常经营成本，因此不能抵扣补充管理费用差旅费的50金额。拓展知识：在《中华人民共和国民用航空运输条例》中，第三十二条规定：民航发展基金的领取、支出及使用必须经中国民用航空运输企业职工参保单位批准，并依照有关规定予以管理。