在实际情况下，总公司签订的工程合同，分公司申领发票增额的情况下，是需要总分公司协议的，有两种情况：一是总公司和分公司需要签订协议，确定双方责任，进行具体的工程建设，并规定好发票申领及增额；二是分公司有工程分包和委托时，也要签订明确的协议，确定其发票申领增额。因此，总公司签订的工程合同，分公司申领发票增额，是需要总分公司协议来保证所有合同事宜得到有效落实的。 拓展知识：立协议是指双方当事人以书面的形式公开而有约束力的制定一份文件，记载他们的权利义务事项，明确约定双方的权利义务关系。因此，在总公司签订的工程合同，分公司申领发票增额的情况下，立起协议是无可置疑的。