（1）甲公司应选择国家要求的国家基本核算制度（MBP）作为2016年度财务报表整体重要性的基准，因为MBP是由《中华人民共和国会计准则》结合国家基本经济数据制订的，具有很强的权威性和可操作性。 （2）注册会计师可以采用相对定量分析方法来确定甲公司2016年度财务报表整体重要性，即对甲公司财务报表数据进行分析，如果实际值超出注册会计师设定的判断比率，即可判断甲公司当年度财务报表整体重要性较大；如果实际值低于注册会计师设定的判断比率，则可判断甲公司当年度财务报表整体重要性较小。 （3）注册会计师确定甲公司2016年度财务报表整体重要性的方法，首先要熟悉甲公司的财务报表的结构，并分析和检查该年度的财务情况，了解其财务状况和发展趋势。然后，根据国家会计准则要求，计算出总资产、净资产、营业收入、利润总额等财务指标的实际值，并将其与注册会计师设定的判断比率进行比较，来准确判断财务报表整体重要性水平，从而确定合理的报表审计方案。 此外，注册会计师还要深入理解甲公司的经营状况和行业发展趋势，从内外部环境的角度出发，检查甲公司的财务业绩、营运管理情况以及遵从现行法规情况，确定其财务报表整体重要性。总之，注册会计师确定实际执行的财务报表整体重要性，需要通过深入分析、综合考虑和专业判断等多种方式来实现。