企业合并和非企业合并的后续计量区别主要体现在计量方法和费用归属上。对于同一控制的企业合并，通常是持有25%以上的股权，因此采用成本法进行后续计量，审计费和管理费用都应计入管理费用当中，支付给债商的发行费应当计入资本公积当中。而非企业合并，也就是普通长期投资，一般持有股权的比例为25%以下，因此采用权益法进行后续计量，管理费用应当计入长投的入账成本，支付给债商的发行费也应计入资本公积。另外，一般在计量企业合并的时候，需要使用更复杂的估计模型，来更准确地衡量收购企业的净资产价值以及收购交易项下的公允价值。