首先，甲公司在购买材料并支付材料商时，可以直接要求材料商开13%增值税专用发票（该发票项下未付税额除外），以及甲公司的税号。 其次，甲公司在乙公司支付工程款时，也可以要求乙公司收到13%的专用发票，并将乙公司支付的专用发票和材料商开具的发票一并登记，使得乙公司可以回笼税款，以及甲公司得到减免税款。 最后，甲公司可以在纳税申报时抵扣材料商开具的专用发票，以及乙公司支付的专用发票，从而减免税款。 此外，甲公司也应提醒乙公司上缴增值税，乙公司在甲公司购买材料并支付材料商时，乙公司可以抵扣增值税。