合同金额和付款金额不一致，会影响付款或发票的正常程序。因为付款金额和开票金额是根据合同金额进行调整得到的，一定不能有出入。如果出现合同金额和付款金额不一致，出现这种情况，最好及时协商解决，否则会影响后续财务的报销与税务等事宜，也会给双方的商业合作带来不必要的麻烦。 再者，若双方发生争议，应当依据合同约定的仲裁程序来解决，最后诉诸法律手段。如果两边都没有办法解决，只能交给法院来审理，由法院最后来解释执行合同，协商调解无法解决，则要根据立约时所附带的相关文件，如：合同书、发票、凭证等进行确认，以此来助于最终解决合同纠纷。 此外，合同履行中的付款及开票等环节，双方应当按照合同约定协商达成一致，谨慎签订有关文书，以免造成一个双方纠纷。