是的，可以修改专项附加扣除。通常情况下，经营者或纳税人可以根据实际情况及时修改专项附加扣除。但要注意的是，如果要修改，必须提供相应的修改凭证及证明，否则可能会影响企业减税等业务。此外，如果公司帮助员工填写专项附加扣除，还应遵守国家的税收政策，比如增值税及居民税收，以及文件记录要求。通过上述修改，公司可以有效控制成本，改善营运效率，实现企业减税目标。