处理客户把专用发票丢失的问题，首先要尽快联系开发发票的公司，说明情况，请求发票抵扣复制；其次，应当告知客户尽量不要重新开具新发票，由于重新开具专用发票往往会引起政府机构的关注，同时会降低客户的信用度；最后，若无法获得复制发票，可以出具备用发票来抵扣。 此外，平常在经营活动中应该采取有效措施以防止发票的丢失，包括定期审计发票核对，严格管理发票的使用和存储，制定有效的发票抵扣策略等。