根据《中华人民共和国发票管理条例》的规定，凡开展税收管理相关活动的企业，都必须具备成立资格、许可证等，才能够正常开具发票。因此，新办的有机肥公司想要开具发票，必须首先办理许可证，在正常范围内开展税收管理相关活动，再通过内部财务管理完善财务账务制度，以确保发票及其数据准确无误。在申请许可期间，如果有研发生产，对外销售的需求，建议您可以采用其他形式的票据代替发票，比如收据，凭证等，以防止由于没有许可证而引发的法律风险。此外，有机肥公司还应该密切关注有关政策法规变化，及早了解申请许可证的要求，以便及时准备资料申请许可证，以备及时投入正常经营。